Приход в с. Шабалино открыт в 1863 году. Справочник «Тобольской епархии» 1892 года сообщает, что «в селе Шабалинском церковь на каменном фундаменте выстроена вместо сгоревшей в 1873 году». Единственный престол был освящен в честь Рождества Христова.
Во втором десятилетии XX века рядом с нею решили строить церковь каменную (кирпичную). В ноябре 1913 г. отцом Алексием Турковским был представлен на рассмотрение в консисторию проект храма, который был доработан губернским архитектором Л. Андржеевским и утвержден на заседании строительного отделения Тобольского губернского управления 17 февраля 1914 года. Известно также, что в июле 1915 года была объявлена «благодарность Епархиального начальства заштатному священнику Андрею Родионову за пожертвование 100 рублей на постройку нового Шабалинского храма и крестьянину Федору Изюмкину за пожертвование 120 рублей на тот же предмет».
27 ноября Епархиальное руководство официально разрешило сбор пожертвований. В середине 1915 года настоятель отец Алексий был по его просьбе перемещен в бердюжский приход, а вместо него из села Адбаж прибыл священник Лев Кондаков, который прослужил как минимум до 1919 года (известно, что весной этого года он был награжден правом ношения скуфьи).
Возводили церковь всем миром. На общем сходе было решено, что каждый прихожанин должен отработать определенное количество дней на строительстве. Кирпич изготовляли неподалеку за рямом, где были обнаружены залежи первоклассной глины, там же поставили и печи. Яйца для раствора свозили со всей округи.
Строили с 1913 до 1916 года. Церковь была освящена во имя Пресвятой Троицы.
В приходе были две церковно-приходские школы в с. Шабалино с 1880 г. и в д. Забошной с 1909 г. По сторонам большой и малой дорог на Орлово находились три участка церковной земли – 90 десятин пашни.
Во времена гражданской войны село периодически переходило из рук в руки – то «белых», то «красных». Обстреливали и церковь – один снаряд во время молебна пробил западную стену, упал на пол, но чудом не разорвался. Службы в церкви с перерывами продолжались до 1936 года. В конце 20-х годов настоятелем был священник Роман Алексеевич Горбунов. Родился он в 1872 году в деревне Мелехино (Бердюжский район), закончил Тобольскую Духовную семинарию. В феврале 1932 года был арестован по обвинению в том, что «в течение ряда лет занимался антисоветской агитацией посредством Библии». В том же году умер в казахстанских лагерях, куда был выслан на три года.
В 1933 или 1934 году приехал священник Василий Жиляков. На клиросе был старший сын отца Василия Петр. В конце 30-х (вероятно в 1936 г.) отца Василия посадили в тюрьму. Скончался он в Ялуторовске после 1966 года. В 1931-1932 годах планировали южнее церкви у озера строить машинотракторную станцию. Кирпич намеревались добыть, разрушив храм. На центральной площади собрали сход, но жители выступили против. Местная власть, что удивительно, отступила. МТС построили в Орлово. Колокола же сняли еще в 30-е годы. С одной стороны колокольни даже сняли решетку, чтобы сбросить большой колокол, который при этом разбился. Один колокол спрятала Клавдия Андреевна Азарова и хранила его до 1994 года. В день Святой Троицы она вернула его храму.
В советские времена храм превратили в зерновой склад. После строительства семенного комплекса в с. Орлово храм ни под что не использовался. Дверь кто-то взломал, иконы и ковры, которые хранились в правом пристрое притвора, исчезли. Однако когда храм ремонтировали, почти все иконы вернули.
После взлома двери храм начал разрушаться. Деревянные двери унесли, окна побили, кресты начали снимать. Один попытались сорвать трактором, да крепко оказался поставлен, погнулся, но не упал. Один крест, упавший когда то с крыши, был подобран местным жителем, который приберег его для своей могилы. Время смыло краску с жестяной кровли, ветер срывал проржавевшую жесть.
Дождь проникал сквозь свод купола, начали гнить стропила. Исчезли рамы, пол. Храм переживал тяжелые времена. К 1990-м годам в деревне не осталось ни одного жителя. Инициатором и главной «пробивной силой» восстановления деревни и Троицкой церкви был Степанов Валерий Сергеевич. «Я взялся за храм, – честно говорит он, – чтобы проложить асфальт к деревне, а дальше храм жизнь Шабалино продолжит». Инициативная группа верующих обратилась к населению района, и люди охотно поставили свои подписи в списках желающих восстановить и открыть церковь.
21 августа 1990 года исполком Армизонского райсовета народных депутатов зарегистрировал религиозное общество и разрешил открыть Троицкий храм для исполнения Богослужений и прочих треб. В Орлово нашлась женщина – Екатерина Александровна Ващенко, которая согласилась возглавить инициативную группу и стать старостой прихода. Бухгалтером была Мария Александровна Егорова. И так же, как строили храм восемьдесят лет назад, так и восстанавливали его всем миром. Валерий Сергеевич ездил из Тюмени сначала по выходным, потом оставил работу и с марта по ноябрь 1993 года проработал в Шабалино. В этом году и закончили в целом восстановление храма. Иконостас был закончен тюменским живописцем Анатолием Квасневским в 1998 году. Деньги выделены Губернатором Леонидом Рокецким. Средства на восстановление храма жертвовали не только жители армизонского края, но и многочисленные шабалинцы со всех концов страны, десятки банков и фирм. Помогала Армизонская администрация (глава Спиридонов Александр Варфоломеевич).
Трудились на восстановлении Борис Семенов, Михаил Собянин, Иван Овчаренко, Владислав Тимкин, Алексей Елькин, женщины бухгалтерии Орловского совхоза. Всех перечислить просто невозможно. На первой службе в июне 1993 г. на Троицу поминали 87 человек – тех, кто помогал восстанавливать храм – на следующий день еще больше ста помощников.
Совершал первое после большого перерыва Богослужение отец Тихон, преподаватель Тобольской духовной семинарии, помощник – Николай.